Celem Mobilnego Centrum Edukacji Ekologicznej i Monitoringu Środowiska Uniwersytetu Szczecińskiego jest kształtowanie właściwych postaw ekologicznych, poprzez popularyzację wiedzy z zakresu ochrony środowiska i przyrody, ze szczególnym uwzględnieniem ochrony ekosystemów wodnych, jako ważnych obszarów przyrodniczych województwa zachodniopomorskiego. Ponadto Centrum ma na celu integrację różnych środowisk oddziałujących na przyrodę oraz zaangażowanych w jej ochronę.